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Ao entardecer desse dia, depois de ter percorrido cerca de 10 léguas (quase 32 milhas), os pilotos ultrapassaram a barra do rio Buranhém, e encontraram "um arrecife [a Coroa Vermelha] com um porto dentro, muito bom e muito seguro [a baia Cabrália]. Desde muito tempo, esse local é confundido com a atual cidade de Porto Seguro, 12 km ao sul (veja O Achamento da Terra de Vera Cruz).

No dia 26 de abril, frei Henrique de Coimbra, capelão da esquadra, celebra a primeira missa na nova terra, no local hoje conhecido como Coroa Vermelha – na época um ilhéu, atualmente um promontório. A segunda grande cerimônia de cunho cristão foi a chantadura da cruz, a cujo símbolo ficou ligado o nome do lugar encontrado: "Terra de Vera Cruz". Foi o dia de 1º de maio quando Cabral toma posse formal do novo território em nome da casa real portuguesa. No dia seguinte, a esquadra parte rumo às Índias (veja Frei Henrique de Coimbra).

Durante as três primeiras décadas depois do descobrimento, no entanto, a Coroa Portuguesa não tomou nenhuma iniciativa consistente com vistas à colonização do território brasileiro e de Porto Seguro. Em 1532, quando o litoral brasileiro já era constantemente saqueado por corsários em busca do pau-brasil e circulavam notícias da descoberta de metais preciosos na América espanhola, Portugal decide promover a ocupação do território através do sistema de capitanias hereditárias.

A Capitania de Porto Seguro, cujos domínios se estendiam da margem direita do rio Jequitinhonha à margem esquerda do rio Doce, foi concedida a Pero Campos de Tourinho, nobre português de Viana do Castelo. Em 1534, Tourinho ordena a fundação da vila de Nossa Senhora da Pena, onde hoje está a cidade alta de Porto Seguro.

Com a criação da capitania, a economia diversifica-se. A vila torna-se uma base a partir da qual se organizavam expedições para o interior do país em busca de pedras e metais preciosos. Além disso, engenhos de açúcar se instalam na região. No entanto, o povoado continuaria a ser atacado pelos índios Aimoré. Esta situação instável era comum à maioria das capitanias e só melhorou quando Portugal decidiu instalar, em 1549, um governo geral em Salvador junto com mais tropas para defender a costa.

O centro histórico de Porto Seguro com as três igrejas Nossa Senhora da Misericórdia (1530), Nossa Senhora do Rosário (1534) e Nossa Senhora da Penha (1718), a prisão antiga e o monumento que marca o desembarque de Gonçalo Coelho foi declarado Patrimônio Nacional em 1976.